El escudo que simboliza la institución tuvo como autores un grupo de religiosos estudiantes de filosofía del año 1949, de entre los cuales se destaca el Padre Primitivo  Castillo, TC, dirigidos por el Padre José Lozano, TC.

El escudo es de estilo español, y esta dividido en dos piezas de honor y cuatro cuarteles.

las piezas de honor son:

1. Un jefe esmaltado en rojo, con el nombre del instituto: Instituto San Rafael.
2. Un escudete en el centro, esmaltado en azul, con el escudo de la congregación de Religiosos Terciario capuchinos de Nuestra señora de los Dolores y orlado con el cordón franciscano.
3. El escudo (un corazón), el cual está traspasado por siete espadas, símbolo de los siete dolores de María.  Una corona de rosas, símbolo de maternidad y de la fragancia de las virtudes de María, abraza las dos espadas superiores; y una llama, en medio de la cual se abren lirios, símbolos, respectivamente, de amor de Maria y de su Inmaculada Concepción.

LOS CUATRO CARTELES SON:

1. El primer cuartel, sobre fondo de oro, contiene las armas de Manizales: una puerta abierta, simbolizando el titulo dado a Manizales: “La ciudad de las puertas abiertas”, signo de la generosidad acogedora de sus gentes. Tres Montañas: la mas lejana simboliza el volcán y el Nevado del Ruiz; la segunda, el complejo de la cordillera central: y la tercera, el cerro de “Sancancio”.
2. El segundo cuartel, sobre esmalte de plata, lleva las alegrías de Arcángel San Rafael como armas del Instituto, el pez, con cuya hiel curó a Tobias de su ceguera; el bastón de caminante, una concha de mar para recoger el agua de los ríos y una calabaza para guardarla. Estos son simbolos de inocencia, integridad y virtudes cristianas.
3. El tercer cuatel, esmaltado en plata, contiene el símbolo de la institución: El Estudio.
4. El cuarto cuartel, esmaltado en verde, encierra el tereque y las espigas que representan el trabajo industrial y el pan ganado con el trabajo.

El lemas es: Escuela (estudio), Hogar (familia), Trabajo (talleres).

El escudo va coronado por una cruz latina, símbolo de la raza y por una rama de olivo, símbolo de la paz; y otro de laurel, premio al deber cumplido.

El pabellón está formado por la bandera de Colombia y la bandera del Instituto.