El escudo que simboliza la institución tuvo como autores un grupo de religiosos estudiantes de filosofía del año 1949, de entre los cuales se destaca el Padre Primitivo  Castillo, TC, dirigidos por el Padre José Lozano, TC.

El escudo es de estilo español, y esta dividido en dos piezas de honor y cuatro cuarteles.

las piezas de honor son:

1. Un jefe esmaltado en rojo, con el nombre del instituto: Instituto San Rafael.
2. Un escudete en el centro, esmaltado en azul, con el escudo de la congregación de Religiosos Terciario capuchinos de Nuestra señora de los Dolores y orlado con el cordón franciscano.
3. El escudo (un corazón), el cual está traspasado por siete espadas, símbolo de los siete dolores de María.  Una corona de rosas, símbolo de maternidad y de la fragancia de las virtudes de María, abraza las dos espadas superiores; y una llama, en medio de la cual se abren lirios, símbolos, respectivamente, de amor de Maria y de su Inmaculada Concepción.